PERANAN BIO-INFORMATIKA DALAM ANALISIS FRAGMEN DNA

Apa itubioinformatika???

BIO-INFORMATIKA  merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informasi untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuen DNA dan asam amino. Peran Bioinformatika dalam bidang Aquaculture salah satunya dalam analisis fragmen dna……..

Peningkatan produksi budidaya perairan dapat diusahakan melalui beberapa pendekatan, yaitu manipulasi lingkungan, manipulasi genetik dan kombinasi antara keduanya. Rekayasa set kromosom, seperti poliploidisasi merupakan salah satu pendekatan manipulasi genetik yang dapat diterapkan pada ikan.

Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan secara molekuler dengan memanipulasmi  mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa melalui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.salah satu contohnya adalah random ampliflied polymorphic DNA (RAPD) dalam penerapan pada ikan laut.

Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) adalah suatu sistem deteksi   molekuler  yang  berbasis  PCR, salah satu teknik molekuler untuk mendeteksi keragaman DNA didasarkan pada penggandaan DNA .  RAPD juga merupakan penanda DNA yang memanfaatkan primer acak oligonukleotida pendek (dekamer) untuk mengamplifikasi DNA genom organisme.Dalam kasus ini saya mengambil contoh:

ANALISIS FRAGMEN DNA IKAN KERAPU MACAN

(Epinephelus fuscoguttatus)

…untuk lebih lanjut jurnal dapat klik disini

Ringkasan jurnal….     

Ikan kerapu macan merupakan salah satu spesies kerapu dengan nilai ekonomis tinggi dan mempunyai prospek yang baik untuk dikebangkan sebagai ikan budidaya karena mempunyai harga jual yang cukup tinggi dan bernilai ekspor.Budidaya ikan kerapu terkendala adanya keterbatasan benih baik dalam kualitas, kuantitas, maupun kontinyuitas. Akibat rendahnya sintasan pada pembenihan karena adanya infeksi bakteri pathogen yang pada kondisi puncak wabah dapat menyebabkan mortalitas 100%.usaha pengendalian penyakit bacterial dalam bud9idaya ikan kerapu dapat dilakukan dengan menggunakan obat-obatan atau antibiotic.

Tujuan untuk mengetahui ukuran fragmen DNA ikan kerapu macan yang tahan dan rentan terhadap bakteri Vibrio alginolyticus yang dapat digunakan sebagai marker ikan kerapu macan tersebut.

Metode yang digunakan untuk mengetahui ukuran fragmen DNA:

I.          pemeriksaan parameter

·         parameter yang digunakan meliputi ekstraksi dan pengukuran konsentrasi DNA,analisis PCR-PAPD dan elektroforesis serta sebagai data penunjang dilakukan pengukuran kualitas air.

II.          Ekstraksi dan pengukuran konsentrasi DNA genom

·         DNA genom diekstraksi menggunakan kit (puregene, Minneapolis, USA)

III.          Analisis PCR-RAPD

·         Proses PCR untuk mengetahui primer yang bias digunakan untuk mengamplifikasi DNA ikan kerapu macan.

IV.          Analisis fragmen DNA

·         Visualisasi DNA pada gel agarose memperlihatkan bahwa bentuk dan ukuran DNA total pada ikan yang tahan lama dan rentan dan untuk pengujian lebih dari 10kb menunjukkaqn kemurnian.

Dari uraian diatas dapat disimpulkan:

Terdapat perbedaan pola pita DNA produk amplifikasi PCR dengan metode RAPD antara ikan yang tahan dan yang rentan setelah uji tantang.

SEkian,semoga bermanfaat…….

Nama  : Hindra Wicaksana

NIm    : 26010210130099

Prodi   : Budidaya Perairan