AQUACULTURE BIOINFORMATIC

BEBERAPA ASPEK BIOLOGI IKAN KUNIRAN (Upenus spp)

di PERAIRAN DEMAK

Ringkasan;

Ikan kuniran adalah ikan yang menjadi spesies sasaran pada kegiatan perikanan demersal, biasanya ikan tersebut ditangkap menggunakan alat tangkap cantrang. Alat tangkap cantrang menyerupai payung tetapi ukuran kecil, cantrang merupakan alat tangkap yang digunakan untuk menangkap ikan demersal, alat tersebut dilengkapi dua tali penarik yang cukup panjang yang dikaitkan pada ujung sayap jaring. Bagian utama alat ini terdiri dari kantong, badan, sayap, atau kaki, mulut jaring tali penarik (warp) pelampung dan pemberat. Sifat alat tangkap ini menyapu dasar perairan sehingga dapat menyebabkan ikan yang tangkapan terdiri dari berbagai ukuran sehingga dapat mempengaruhi kelestarian stok yang terdapat di alam. Apabila hasil tangkapan didominasi ikan yang berukuran kecil maka akan mengakibatkan growth overvising. Oleh karena itu, maka diperlukan suatu konsep pengelolahan sumber daya ikan Kuniran dengan memperhatikan keterkaitan dengan aspek aspek biologis agar stok ikan yang tersedia di laut dapat dimanfaatkan secara optimal untuk menambah nilai ekonomis bagi masyarakat yang bernatapencarian sebagai nelayan dan nilai ekologis sumber daya ikan Kuniran tersebut tetap dapat dipertahankan, yaitu sumberdaya yang lestari dan berkelanjutan. Tujuan dari aspek biologi ikan Kuniran yang didasarkan hasil tangkapan Cantran yang di daratan di TPI Morodemak Demak, terutama nisbah kelamin, sifat pertumbuhan, Tingkat Kematangan Gonad (TKG) fekunditas, ukuran rata rata tertangkap serta mengetahui ukuran pertama kali matang gonad. Uji nisbah kelamin menunjukkan bahwa rasio kelamin ikan kuniran jantan dan betina tidak berbeda nyata, artinya nisbah kelamin ikan Kuniran di perairan Demak seimbang, apabila dalam jantan dan betina seimbang atau betina lebih banyak maka dapat diartikan bahwa populasi tersebut masih ideal untuk mempertahankan kelestarian.demikian juga melihat dari TKG hasil tangkapan, peluang terjadinya recruitment overfishing juga kecil.

Kesimpulan dari jurnal yang saya baca adalah: dengan melihat aspek aspek biologi ikan Kuniran maka di dapatkan bahwa usaha penangkapan ikan Kuniran di perairan Demak menggunakan alat tangkat cantrang masih bersifat sustainnable. Ukuran ikan yang tertangkap masih layak karena ikan yang tertangkap termasuk ikan yang dewasa dan bukan ikan muda. Pada saat yang sama, ikan yang matang gonad juga tidak menominasi komposisi hasil tangkapan. Konsep penelolaan dilakukan dengan cara mempertahankan ukuran mata jaring agar ukuran tidak diubah menjadi lebih kecil dari ukuran semula agar tidak mengarah pada growth overfishing. Intensitas penangkapan perlu dibatasi agar tidak mengarah pada recruitmen overfishing, yaitu apabila kegiatan perikanan banyak menangkap ikan-ikan yang telah matang gonad sehingga ikan tidak memiliki kesempatan untuk bereproduksi.

Sumber: http://eprints.undip.ac.id/16930/

Hindra Wicaksana
26010210130099
Budidaya Perairan

PERANAN BIO-INFORMATIKA DALAM ANALISIS FRAGMEN DNA

Apa itubioinformatika???

BIO-INFORMATIKA  merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informasi untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuen DNA dan asam amino. Peran Bioinformatika dalam bidang Aquaculture salah satunya dalam analisis fragmen dna……..

Peningkatan produksi budidaya perairan dapat diusahakan melalui beberapa pendekatan, yaitu manipulasi lingkungan, manipulasi genetik dan kombinasi antara keduanya. Rekayasa set kromosom, seperti poliploidisasi merupakan salah satu pendekatan manipulasi genetik yang dapat diterapkan pada ikan.

Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan secara molekuler dengan memanipulasmi  mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa melalui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.salah satu contohnya adalah random ampliflied polymorphic DNA (RAPD) dalam penerapan pada ikan laut.

Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) adalah suatu sistem deteksi   molekuler  yang  berbasis  PCR, salah satu teknik molekuler untuk mendeteksi keragaman DNA didasarkan pada penggandaan DNA .  RAPD juga merupakan penanda DNA yang memanfaatkan primer acak oligonukleotida pendek (dekamer) untuk mengamplifikasi DNA genom organisme.Dalam kasus ini saya mengambil contoh:

ANALISIS FRAGMEN DNA IKAN KERAPU MACAN

(Epinephelus fuscoguttatus)

…untuk lebih lanjut jurnal dapat klik disini

Ringkasan jurnal….     

Ikan kerapu macan merupakan salah satu spesies kerapu dengan nilai ekonomis tinggi dan mempunyai prospek yang baik untuk dikebangkan sebagai ikan budidaya karena mempunyai harga jual yang cukup tinggi dan bernilai ekspor.Budidaya ikan kerapu terkendala adanya keterbatasan benih baik dalam kualitas, kuantitas, maupun kontinyuitas. Akibat rendahnya sintasan pada pembenihan karena adanya infeksi bakteri pathogen yang pada kondisi puncak wabah dapat menyebabkan mortalitas 100%.usaha pengendalian penyakit bacterial dalam bud9idaya ikan kerapu dapat dilakukan dengan menggunakan obat-obatan atau antibiotic.

Tujuan untuk mengetahui ukuran fragmen DNA ikan kerapu macan yang tahan dan rentan terhadap bakteri Vibrio alginolyticus yang dapat digunakan sebagai marker ikan kerapu macan tersebut.

Metode yang digunakan untuk mengetahui ukuran fragmen DNA:

I.          pemeriksaan parameter

·         parameter yang digunakan meliputi ekstraksi dan pengukuran konsentrasi DNA,analisis PCR-PAPD dan elektroforesis serta sebagai data penunjang dilakukan pengukuran kualitas air.

II.          Ekstraksi dan pengukuran konsentrasi DNA genom

·         DNA genom diekstraksi menggunakan kit (puregene, Minneapolis, USA)

III.          Analisis PCR-RAPD

·         Proses PCR untuk mengetahui primer yang bias digunakan untuk mengamplifikasi DNA ikan kerapu macan.

IV.          Analisis fragmen DNA

·         Visualisasi DNA pada gel agarose memperlihatkan bahwa bentuk dan ukuran DNA total pada ikan yang tahan lama dan rentan dan untuk pengujian lebih dari 10kb menunjukkaqn kemurnian.

Dari uraian diatas dapat disimpulkan:

Terdapat perbedaan pola pita DNA produk amplifikasi PCR dengan metode RAPD antara ikan yang tahan dan yang rentan setelah uji tantang.

SEkian,semoga bermanfaat…….

Nama  : Hindra Wicaksana

NIm    : 26010210130099

Prodi   : Budidaya Perairan