AQUACULTURE BIOINFORMATIC

BEBERAPA ASPEK BIOLOGI IKAN KUNIRAN (Upenus spp)

di PERAIRAN DEMAK

Ringkasan;

Ikan kuniran adalah ikan yang menjadi spesies sasaran pada kegiatan perikanan demersal, biasanya ikan tersebut ditangkap menggunakan alat tangkap cantrang. Alat tangkap cantrang menyerupai payung tetapi ukuran kecil, cantrang merupakan alat tangkap yang digunakan untuk menangkap ikan demersal, alat tersebut dilengkapi dua tali penarik yang cukup panjang yang dikaitkan pada ujung sayap jaring. Bagian utama alat ini terdiri dari kantong, badan, sayap, atau kaki, mulut jaring tali penarik (warp) pelampung dan pemberat. Sifat alat tangkap ini menyapu dasar perairan sehingga dapat menyebabkan ikan yang tangkapan terdiri dari berbagai ukuran sehingga dapat mempengaruhi kelestarian stok yang terdapat di alam. Apabila hasil tangkapan didominasi ikan yang berukuran kecil maka akan mengakibatkan growth overvising. Oleh karena itu, maka diperlukan suatu konsep pengelolahan sumber daya ikan Kuniran dengan memperhatikan keterkaitan dengan aspek aspek biologis agar stok ikan yang tersedia di laut dapat dimanfaatkan secara optimal untuk menambah nilai ekonomis bagi masyarakat yang bernatapencarian sebagai nelayan dan nilai ekologis sumber daya ikan Kuniran tersebut tetap dapat dipertahankan, yaitu sumberdaya yang lestari dan berkelanjutan. Tujuan dari aspek biologi ikan Kuniran yang didasarkan hasil tangkapan Cantran yang di daratan di TPI Morodemak Demak, terutama nisbah kelamin, sifat pertumbuhan, Tingkat Kematangan Gonad (TKG) fekunditas, ukuran rata rata tertangkap serta mengetahui ukuran pertama kali matang gonad. Uji nisbah kelamin menunjukkan bahwa rasio kelamin ikan kuniran jantan dan betina tidak berbeda nyata, artinya nisbah kelamin ikan Kuniran di perairan Demak seimbang, apabila dalam jantan dan betina seimbang atau betina lebih banyak maka dapat diartikan bahwa populasi tersebut masih ideal untuk mempertahankan kelestarian.demikian juga melihat dari TKG hasil tangkapan, peluang terjadinya recruitment overfishing juga kecil.

Kesimpulan dari jurnal yang saya baca adalah: dengan melihat aspek aspek biologi ikan Kuniran maka di dapatkan bahwa usaha penangkapan ikan Kuniran di perairan Demak menggunakan alat tangkat cantrang masih bersifat sustainnable. Ukuran ikan yang tertangkap masih layak karena ikan yang tertangkap termasuk ikan yang dewasa dan bukan ikan muda. Pada saat yang sama, ikan yang matang gonad juga tidak menominasi komposisi hasil tangkapan. Konsep penelolaan dilakukan dengan cara mempertahankan ukuran mata jaring agar ukuran tidak diubah menjadi lebih kecil dari ukuran semula agar tidak mengarah pada growth overfishing. Intensitas penangkapan perlu dibatasi agar tidak mengarah pada recruitmen overfishing, yaitu apabila kegiatan perikanan banyak menangkap ikan-ikan yang telah matang gonad sehingga ikan tidak memiliki kesempatan untuk bereproduksi.

Sumber: http://eprints.undip.ac.id/16930/

Hindra Wicaksana
26010210130099
Budidaya Perairan

PERANAN BIO-INFORMATIKA DALAM ANALISIS FRAGMEN DNA

Apa itubioinformatika???

BIO-INFORMATIKA  merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informasi untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuen DNA dan asam amino. Peran Bioinformatika dalam bidang Aquaculture salah satunya dalam analisis fragmen dna……..

Peningkatan produksi budidaya perairan dapat diusahakan melalui beberapa pendekatan, yaitu manipulasi lingkungan, manipulasi genetik dan kombinasi antara keduanya. Rekayasa set kromosom, seperti poliploidisasi merupakan salah satu pendekatan manipulasi genetik yang dapat diterapkan pada ikan.

Berbagai penelitian telah dilakukan untuk meningkatkan produksi budidaya perikanan. Salah satunya ialah dengan pendekatan secara molekuler dengan memanipulasmi  mekanisme melekuler khususnya DNA yang melatarbelakangi phisiologi dan mengekspresikan sifat dari organisme budidaya. Dengan pemahaman fungsi genom, maka komposisi dan ekspresi gen dapat diatur sedemikian rupa melalui sejumlah pendekatan bio molekuler guna meningkatkan produksi dan kualitas budidaya.salah satu contohnya adalah random ampliflied polymorphic DNA (RAPD) dalam penerapan pada ikan laut.

Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) adalah suatu sistem deteksi   molekuler  yang  berbasis  PCR, salah satu teknik molekuler untuk mendeteksi keragaman DNA didasarkan pada penggandaan DNA .  RAPD juga merupakan penanda DNA yang memanfaatkan primer acak oligonukleotida pendek (dekamer) untuk mengamplifikasi DNA genom organisme.Dalam kasus ini saya mengambil contoh:

ANALISIS FRAGMEN DNA IKAN KERAPU MACAN

(Epinephelus fuscoguttatus)

…untuk lebih lanjut jurnal dapat klik disini

Ringkasan jurnal….     

Ikan kerapu macan merupakan salah satu spesies kerapu dengan nilai ekonomis tinggi dan mempunyai prospek yang baik untuk dikebangkan sebagai ikan budidaya karena mempunyai harga jual yang cukup tinggi dan bernilai ekspor.Budidaya ikan kerapu terkendala adanya keterbatasan benih baik dalam kualitas, kuantitas, maupun kontinyuitas. Akibat rendahnya sintasan pada pembenihan karena adanya infeksi bakteri pathogen yang pada kondisi puncak wabah dapat menyebabkan mortalitas 100%.usaha pengendalian penyakit bacterial dalam bud9idaya ikan kerapu dapat dilakukan dengan menggunakan obat-obatan atau antibiotic.

Tujuan untuk mengetahui ukuran fragmen DNA ikan kerapu macan yang tahan dan rentan terhadap bakteri Vibrio alginolyticus yang dapat digunakan sebagai marker ikan kerapu macan tersebut.

Metode yang digunakan untuk mengetahui ukuran fragmen DNA:

I.          pemeriksaan parameter

·         parameter yang digunakan meliputi ekstraksi dan pengukuran konsentrasi DNA,analisis PCR-PAPD dan elektroforesis serta sebagai data penunjang dilakukan pengukuran kualitas air.

II.          Ekstraksi dan pengukuran konsentrasi DNA genom

·         DNA genom diekstraksi menggunakan kit (puregene, Minneapolis, USA)

III.          Analisis PCR-RAPD

·         Proses PCR untuk mengetahui primer yang bias digunakan untuk mengamplifikasi DNA ikan kerapu macan.

IV.          Analisis fragmen DNA

·         Visualisasi DNA pada gel agarose memperlihatkan bahwa bentuk dan ukuran DNA total pada ikan yang tahan lama dan rentan dan untuk pengujian lebih dari 10kb menunjukkaqn kemurnian.

Dari uraian diatas dapat disimpulkan:

Terdapat perbedaan pola pita DNA produk amplifikasi PCR dengan metode RAPD antara ikan yang tahan dan yang rentan setelah uji tantang.

SEkian,semoga bermanfaat…….

Nama  : Hindra Wicaksana

NIm    : 26010210130099

Prodi   : Budidaya Perairan

SIG dan Penginderaan Jarak Jauh

Sejarah sistem informasi geografis

Sistem informasi geografis (SIG) pertama pada tahun 1960 yang bertujuan untuk

menyelesaikan permasalahan geografis. 40 tahun kemudian perkembangan GIS berkembang

tidak hanya bertujuan untuk menyelesaikan permasalahan geografi saja tetapi sudah merambah

ke berbagai bidang seperti:

• analisis penyakit epidemik (demam berdarah)

• analisis kejahatan (kerusuhan)

• navigasi dan vehicle routing (lintasan terpendek)

• analisis bisnis (sistem stock dan distribusi)

• urban (tata kota) dan regional planning (tata ruang wilayah)

• peneliti: spatial data exploration

• utility (listrik, PAM, telpon) inventory and management

• pertahanan (military simulation), dll

Bertambahnya jumlah penduduk dan pembangunan sangat mempengaruhi perubahan tatanan lingkungan seperti menurunnya kualitas lingkungan, degradasi lingkungan/kerusakan lingkungan serta berkurangnya sumberdaya alam maupun perubahan tata guna lahan. Seperti yang terjadi pada beberapa sungai di Indonesia serta peningkatan berbagai aktivitas di wilayah sungai yang tidak memperhatikan penataan wilayah mengakibatkan dampak negatif berupa menurunnya kualitas air sungai. Dalam menganalisis dampak pencemaran yang terjadi dilakukan dengan menggunakan metoda Inderaja (Penginderaan Jauh) dan model monitoring kualitas air melalui SIG (Sistem Informasi Geografis).

           Penginderaan jauh dan SIG telah digunakan dalam studi ekosistem pesisir penting yaitu mangrove, padang lamun, dan terumbu karang. Contoh penerapan yang telah dilakukan oleh India yaitu data warna air laut disediakan setiap 2 hari oleh lembaga IRS P4 Ocean Colour Monitor (OCM). Data kandungan klorofil dan suhu permukaan air laut yang didapat dari OCM dan NOAA AVHRR diintegrasikan dan dipergunakan untuk prakiraan perikanan untuk memperoleh data keberadaan ikan secara lebih akurat. Data warna laut memberikan informasi ketersediaan makanan dalam kolom air. Suhu permukaan air laut (SPL) menggambarkan keadaan lingkungan laut. Telah diamati pada banyak titik bahwa boundaries/fonts/gradients dari klorofil dan SPL merupakan lokasi yang ideal bagi berkumpulnya ikan yang merupakan indikasi terjadinya penggabungan antara proses biologis dan fisik. Prakiraan ini valid selama tiga hari dan diperbaharui setiap dua hari sekali.

           Suatu tantangan yang penting dalam pengelolaan ekosistem secara berkelanjutan adalah penggunaan SIG dalam mengintegrasikan data yang berasal dari ekologi, geografi, sosiologi, dan disiplin yang lain. Contohnya penelitian dalam bidang biokompleksitas, entobiologi, demografi, sosiologi, dan ekonomi yang secara tidak langsung berasosiasi dngan penggunaan inderaja dan SIG, meskipun demikian sering dapat diintegrasian ke dalam data dasar spasial. 

           Sebenarnya teknologi SIG dan inderaja menghadirkan alat penting yang dapat digunakan untuk menilai secara tepat pengukuran kualitas air, pembuatan data dasar, memaduka informasi, memvisualisasi skenario dan dapat pula memecahkan masalah polusi lingkungan yang rumit. Kendala yang paling umum dijumpai adalah citra yang diperoleh seringkali tidak bagus karena banyaknya awan terutama didaerah tropis. Pemanfaatan di Indonesia juga terhambat karena belum adanya kerjasama yang baik diantara sesama stakeholders terkait.

 

Kesimpulan

      Metode SIG dapat berguna dalam perencanaan dan pengelolaan wilayah pesisir sehingga dapat dilakukan dengan baik dan terarah serta dapat menghindari eksploitasi yang tidak terkendali.
      Penelitian yang lebih mendalam tentang metode SIG yang ditawarkan masih sangat luas dan belum sempurna mengingat setiap kasus yang dihadapi dapat menimbulkan permasalahan baru yang dapat menimbulkan pemikiran dan teknik-teknik tertentu.
      Penggabungan disiplin ilmu pengetahuan sangat memungkinkan dan sangat diperlukan dalam pengembangan SIG, mengingat kehandalan dari SIG sangat ditentukan oleh data dan informasi yang diperoleh dari pakar yang benar-benar mengetahui bidang ilmu tersebut. SIG juga memungkinkan untuk mengintegrasikan semua disiplin ilmu dalam suatu sistem yang terkoordinasi.

 

Bioinformatika dalam Budidaya Perikanan

\

Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

    Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an.

Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika. 

Perkembangan Internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Basis data bioinformatika yang terhubung melalui Internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan analisis. Modifikasi genetik mengarah pada perubahan genetik organisme yang tidak ditemukan di alam, termasuk hibrida (keturunan orang tua dari spesies yang berbeda). Pengembangan ikan transgenik menggunakan teknik DNA rekombinan untuk memasukkan materi genetik dari satu organisme ke dalam genom ikan atau organisme air lainnya. Pertama, ikan bertelur dalam jumlah besar dan telur lebih mudah dimanipulasi, sehingga memudahkan untuk memasukkan DNA baru ke dalam telur ikan. Kedua, budidaya merupakan salah satu sektor yang memproduksi makanan tercepat, hal ini menunjukkan meningkatnya permintaan produk akuakultur. Saat ini, ikan telah siap dijadikan hewan hasil rekayasa genetika pertama untuk makanan manusia. Ada empat belas spesies hasil rekayasa genetika untuk meningkatkan pertumbuhan. Spesies ini termasuk beberapa jenis ikan mas, trout, dan salmon, serta ikan lele, Honorius, nila, dan pike.

    Fokus bioteknologi budidaya adalah meningkatkan laju pertumbuhan, tanpa mengabaikan peningkatan terhadap penyakit dan toleransi terhadap kondisi lingkungan. Penangkaran selektiv apa yang lebih dikenal dengan selective breeding merupakan contoh bioteknologi yang telah lama dilakukan. Sekarang ini telah dikembangkan sebuah penanda genetik atau genetik marker yang merupakan alat bantu seleksi. 

Referensi; http://www.wikipedia.com